Un accès prioritaire au supercalculateur Jean Zay pour lutter contre le COVID19

14 avril 2020 //Par A.Dieul
Un accès prioritaire au supercalculateur Jean Zay pour lutter contre le COVID-19
Sorbonne Université s'est alliée à plusieurs chercheurs en France et dans le monde pour étudier la structure moléculaire du COVID19 en collaboration avec l'institut Pasteur, leader mondial dans le domaine des maladies infectieuses émergentes.

Pour mieux comprendre la structure moléculaire du virus COVID19 , sous l’impulsion de Jean-Philip Piquemal, professeur Sorbonne Université, directeur du laboratoire de chimie théorique à la Faculté des Sciences et Ingénierie de Sorbonne Université et professeur adjoint à l'université de  Texas à Austin (Etats-Unis), des scientifiques de nombreuses institutions collaborent pour simuler et cibler les protéines fonctionnelles du virus #COVID19. Ces modèles informatiques aideront les scientifiques à concevoir de nouveaux médicaments capables de neutraliser le coronavirus en l'empêchant de pénétrer dans les cellules humaines ou en bloquant ses mécanismes internes.

Les chercheurs s’appuient sur un accès prioritaire (urgent computing) à Jean Zay, le supercalculateur convergé HPC et IA (16 PFlop/s) le plus performant en Europe et sur l'approche multi-GPU massivement parallèle la plus rapide existante pour les simulations de dynamique moléculaire de nouvelle génération  #Tinker-HP.

Optimisée par HPE (Hewlett Packard Enterprise), IDRIS et les développeurs de l'application, la solution logicielle Tinker-HP, offre d’ores et déjà un environnement de calcul haute performance permettant d'accéder à la modélisation de systèmes complexes comptant jusqu'à des millions d'atomes. Il s'agit actuellement de l'approche la plus rapide et opérationnelle, disponible pour réaliser des simulations de dynamique moléculaire de pointe avec un modèle d'énergie polarisable à haute résolution permettant de modéliser les mécanismes d'infection virale dans les détails les plus réalistes.

Le supercalculateur Jean Zay conçu par HPE et inauguré en janvier 2020 a été acquis par GENCI (Grand Equipement National de Calcul Intensif), l'agence française de calcul intensif, et est exploité au sein de l'IDRIS (Institut du Développement et des Ressources en Informatique Scientifique), le plus grand centre d'IA et de simulation numérique du CNRS.

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